Au sein du système de statistiques publiques, la réalisation d’études doit se faire en cohérence entre tous les producteurs de données. L’Inpes cherche à être complémentaire avec les autres grandes enquêtes de santé (enquête décennale Insee, enquête santé protection sociale de l’Irdes, enquêtes de la Drees, de l’InVS, de l’Inserm…) afin d’éviter la redondance et dans une préoccupation de collaboration. Une production raisonnée d’enquêtes permet en effet un approfondissement de la connaissance sur certaines thématiques, une réalisation d’analyses statistiques et d’interprétations plus importante, une meilleure collaboration interne et externe à l’Inpes.
Certaines études sont ainsi l’occasion de partenariats scientifiques avec des institutions spécialisées comme la Direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques (Drees), l’Institut national d’études démographiques (Ined), l’Institut de veille sanitaire (InVS), l’Institut de recherche et documentation en économie de la santé (Irdes)... Les partenariats scientifiques autour des Baromètres santé ou d'autres enquêtes populationnelles se sont multipliés ces dernières années, avec notamment l’INCa, l’InVS, l’OFDT (enquêtes menées sur la population sans domicile, en partenariat avec l’Insee, le Samu social et l’OFDT), l’Anses (Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail).
Une étude sur les minorités sexuelles et le risque suicidaire a été réalisée en 2010, en collaboration avec l’EHESS (École des hautes études en sciences sociales), le CNRS (Centre Maurice Halbwachs) et l’Inserm.
Cet effort de concertation avec les autres agences a par exemple été effectué dans la préparation des dernières enquêtes dont le contenu du questionnaire a été rationnalisé, tout en conservant et s’appuyant sur les spécificités des Baromètres santé (suivi des évolutions, enquête centrée sur les attitudes et comportements de santé, liens comportements/représentations, surveillance comportementale, interrogation des moins de 18 ans, etc.). La taille importante de l’échantillon du Baromètre santé 2010 est notamment mise à profit régulièrement pour l’étude des comportements rares peu étudiés par d’autres enquêtes.

Ces collaborations scientifiques permettent à l’Inpes de progresser sur les questions de méthodes d'enquêtes, mais aussi de produire des connaissances de plus en plus approfondies sur différents thèmes (addictions, suicide, maladies infectieuses, santé sexuelle, jeux, personnes sourdes...). L’expertise scientifique de l’Inpes repose ainsi sur son travail d’enquêtes, sur l’évaluation, sur la veille documentaire mais aussi le recours au savoir d’agences et d’institutions spécialisées.